В 1991 році згідно наказу № 9 від 17.04.1991 р. Південного відділення ВАСГНІЛ на базі частини майна Сквирської дослідної станції овочівництва створене Сквирське дослідне господарство Сквирської селекційно-дослідної станції овочівництва з правом господарської і фінансової самостійності.
В 1992 році згідно наказу № 38-К від 05.05.1992 р. Українського науково-дослідного інституту овочівництва і баштанництва Сквирське дослідне господарство Сквирської селекційно-дослідної станції овочівництва реорганізоване в Дослідне господарство Сквирської дослідної станції інституту овочівництва і баштанництва УААН.
В 2003 році згідно наказу № 21 від 21.02.2003 р. Української академії аграрних наук – в Сквирську дослідну станцію інституту овочівництва і баштанництва. В 2006 році згідно наказу № 089 від 01.06.2005 р. Інституту овочівництва і баштанництва Сквирська дослідна станція реорганізована в Державне підприємство Дослідне господарство Сквирської дослідної станції інституту овочівництва і баштанництва УААН.
Згідно наказу № 69 від 11.08.2006 р. Української академії аграрних наук Державне підприємство Дослідне господарство Сквирської дослідної станції інституту овочівництва і баштанництва УААН підпорядковане інституту агроекології УААН і змінена назва: Державне підприємство Дослідне господарство Сквирської дослідної станції інституту агроекології УААН.
В 2010 р. згідно наказу № 257 від 18.08.2010 р. Інституту агроекології і економіки природокористування НААН змінена назва: Державне підприємство Дослідне господарство Сквирської дослідної станції інституту агроекології і економіки природокористування НААН.
В 2012 році згідно наказу № 363-к від 14.12.2011 р. Інституту агроекології і природокористування НААН Державне підприємство Дослідне господарство Сквирської дослідної станції інституту агроекології і економіки природокористування НААН реорганізоване в Державне підприємство «Дослідне господарство «Сквирське» інституту агроекології і природокористування НААН.
Сквирська дослідна станція Інституту агроекології і економіки природокористування НААН – один з найстаріших на Україні селекційно-насінницьких закладів. Вона бере свій початок з першого Українського кооперативного товариства насіннєводів, садівників, городників та при цьому секції інтенсивних культур, які були створені в 1919 році в м. Сквира на базі кращих поміщицьких земель. З цієї дати і почалося існування Сквирської дослідної станції.
9 грудня 1922 року секція інтенсивних культур реорганізована в Сквирську губернську селекційно-помологічну станцію, в завдання якої входило у стислий строк поліпшити існуючі сорти, виростити високоякісне насіння овочевих рослин, закласти зразкові плодові сади. В період 1922-1925 рр. Був зібраний вихідний матеріал місцевих форм овочевих і плодоягідних рослин, вирощено та реалізовано 91 т насіння 70 сортів 24 овочевих рослин7, організована посадка садів, ягідників на площі 344 га.
В 1925 році станція реорганізована в Сквирське насіннєве господарство Білоцерківського окружного земельного відділу.
22 лютого 1938 року створено Сквирське дослідне поле Українського науково-дослідного інституту плодоягідного господарства УРСР з двома відділами: селекція овочевих рослин та селекція плодоягідних рослин. Потім воно переведене в підпорядкування сектору науково-дослідних закладів Наркомзему УРСР.
Організатором і незмінним керівником селекційно-насінницької роботи на всіх її етапах був відомий український народний селекціонер, Лауреат Державної премії СРСР Йосип Якович Магомет - автор біля 80 сортів овочевих, баштанних, плодових і квіткових рослин.
20 березня 1944 року Сквирське дослідне поле відновило селекційно-насінницьку роботу з привезеним із евакуації та заново створеним вихідним матеріалом усіх овочево-баштанних рослин; селекційну роботу з плодово-ягідними рослинами почали знову, так як гібридний фонд був зовсім знищений за період евакуації.
Дослідне поле стало показовою науковою установою в галузі селекції і насінництва овочевих культур. Сорти Сквирської селекції займали близько 40 тисяч гектарів українського лану. На дослідному полі працювали курси підвищення кваліфікації агрономів і агрономів-насіннєводів по овочівництву західних і центральних областей України.
У вересні 1977 року згідно з рішенням комісії Державного комітету Ради Міністрів СРСР по науці і техніці дослідне поле перейменоване в Сквирську селекційно-дослідну станцію овочівництва. В 1981-2005 рр. На станції функціонували: один відділ селекції і насінництва та 6 лабораторій: селекції і технології в розрізі рослин: огірка, капусти, цибулі ріпчастої, бобових, коренеплодів і малопоширених рослин та лабораторія масових аналізів. В 1969 році за досягнуті успіхи у виведенні та впровадженні сортів овочевих, баштанних, плодових і квіткових рослин станція нагороджена Грамотою Президії Верховної Ради СРСР.
В 1979 році за заслуги в галузі селекції і насінництва овочевих рослин і розробку прогресивних технологій їх вирощування нагороджена Орденом «Знак Пошани» і Грамотою Президії Верховної Ради СРСР. Станція також нагороджена Дипломом ІІ ступеня ВДНГ СРСР, дипломами 1-го і ІІІ-го ступенів ВДНГ УРСР, багатьма грамотами Міністерства сільського господарства, Української академії аграрних наук України та іншими установами.
В 1992 році згідно наказу № 38-К від 05.05.1992 р. Українського науково-дослідного інституту овочівництва і баштанництва Сквирська селекційно-дослідна станція овочівництва перейменована в Сквирську дослідну станцію інституту овочівництва і баштанництва.
В 2003 році згідно наказу № 21 від 21.02.2003 р. Української академії аграрних наук Сквирська дослідна станція перейменована в Сквирський науково-дослідний центр інституту овочівництва і баштанництва УААН.
В 2006 році згідно наказу № 089 від 01.06.2005 р. Інституту овочівництва і баштанництва Сквирський науково-дослідний центр інституту овочівництва і баштанництва УААН перейменований в Сквирську дослідну станцію інституту овочівництва і баштанництва УААН. Згідно наказу № 69 від 11.08.2006 р. Української академії аграрних наук Сквирську дослідну станцію підпорядковано інституту агроекології УААН і змінена назва: Сквирська дослідна станція Інституту агроекології УААН.
В 2010 р. згідно наказу № 257 від 18.08.2010 р. Інституту агроекології і економіки природокористування НААН змінена назва: Сквирська дослідна станція Інституту агроекології і економіки природокористування НААН.
В 2014 році згідно наказів № 137 від 19.11.2013 року НААН та № 208-К від 26.11.2013 року ІАП Сквирську дослідну станцію Інституту агроекології і природокористування Національної академії аграрних наук України» перейменовано в «Сквирську дослідну станцію органічного виробництва Інституту агроекології і природокористування Національної академії аграрних наук України.